Gran parte de la población cree que las aguas subterráneas de los pozos son estériles, pero actualmente se conoce la existencia de diferentes tipos microorganismos que pueden crecer en su interior. La contaminación superficial durante su construcción, la difusión de oxígeno procedente del exterior y el aporte de nutrientes por efecto de bombeo son algunos de los factores que pueden incrementar las poblaciones microbianas en un pozo provocando una disminución en su eficiencia.

Cuando elaguade pozo presenta hierro (Fe) y manganeso (Mn), generalmente por la falta de mantenimientos preventivos, usualmente contiene bacterias del hierro. Estas bacterias se alimentan de los minerales que hay en el agua. Por lo general no causan problemas de salud, pero si deterioran la calidad del vital líquido.

Estos microorganismos se caracterizan por el agrupamiento filamentoso de las células que están dentro de sus vainas (a veces tienen incrustados óxidos de Fe y Mn). Extraen su energía de la oxidación del Fe+2 a Fe+3 y en esta operación depositan un revestimiento viscoso en las tuberías. Los más comunes de estos organismos son del género Crenothrix perteneciente al reino Procariote.

Los géneros más comunes son: Sphaerotilus, Crenothrix, Leptothrix, Clonothrix, Streptothrix, Lieskeella y Phragmigiothrix. En otra subdivisión del reino procariote encontramos en importancia al género Gallionella.

Además de su capacidad para depositar óxidos e hidróxidos férricos en torno a sus células, muchas de estas bacterias son capaces de producir un polisacárido extracelular que ha sido descrito en la literatura como gelatinoso, mucilaginoso y de características adhesivas. Este material extracelular, reviste la superficie externa de la pared celular o de las vainas y sirve como un sitio para la acumulación de hidróxido férrico precipitado; presentando así un aspecto mucilaginoso, impregnado en óxidos de hierro, de colores rojizos y ocres que señala la presencia de estas bacterias en ambientes naturales.

Las dificultades que se presentaban en establecer las verdaderas características nutricionales de estos organismos residían en que ellos crecen en rangos de pH de 6,5 a 9, un intervalo de pH en el cual los iones ferrosos pueden oxidarse fácilmente por una reacción totalmente química. Pero afortunadamente existen en la actualidad técnicas en desarrollo para su aislamiento e identificación, lo cual permite tomar acciones inmediatas para su control.

Algunos indicios que pueden indicar la presencia bacterias del hierro en el agua de pozo son:

• Sabor y olor. Las bacterias del hierro a menudo producen un mal sabor en el agua descrito como "pútrido," "aceitoso o petróleo" o "vegetación podrida". El sabor y olor puede ser más acentuado cuando el agua lleva estancada un tiempo. Las bacterias del hierro no producen sulfuro de hidrógeno, el "olor a huevo podrido" pero crean un ambiente donde las bacterias del azufre pueden producirlo.
• Color. Las bacterias del hierro usualmente forman manchas en el agua de color amarillo, naranja, rojo o marrón. Algunas veces es posible ver un brillo oleoso y colores del arco iris, como cuando el aceite flota en el agua.
• Depósitos rojizos. Las bacterias del hierro producen un lodo pegajoso que típicamente es de color rojizo, pero que también puede ser de color amarillo, marrón o gris.
• Corrosión de la tubería.
• Presencia de un crecimiento filamentoso cuando el agua está en reposo (polisacárido extracelular impregnado con óxidos de hierro).

Para evitar este tipo de contaminación es necesario llevar a cabo el monitoreo de calidad del agua tomando muestras simples, con objeto de efectuar un análisis fisicoquímico y bacteriológico del agua, que incluyan como mínimo la determinación de pH, conductividad eléctrica, sulfatos, nitratos, cloruros, dureza total, calcio, sodio, potasio, sólidos disueltos totales y bacterias coliformes fecales. La recomendación es realizar cada 6 meses éste tipo de análisis con el fin de tomar las medidas preventivas necesarias para evitar la pérdida de la calidad del agua.

Finalmente cuando el problema de contaminación ya está presente, se deben tomar las medidas para la rehabilitación del pozo, el cual deberá someterse a un tratamiento eficiente de carácter físico y químico, que va en algunos casos desde la aplicación de cepillos industriales al interior del pozo, la desinfección (por ejemplo; el empleo de cloro a 200 mg/L contenido en el agua del pozo, según la CNA), hasta el mantenimiento de todo el sistema. Sin embargo, cuando el problema ya es recurrente y costoso, es recomendable el cierre del mismo, por lo que le recomendamos que tome las medidas necesarias para que esto no suceda.