El yodo se usa en ocasiones como sustituto del cloro para desinfectar el agua: se encuentra presente en forma de reactivos más estables y fáciles de transportar y no forma subproductos organoclorados ni cloraminas, aunque requiere mayor tiempo de contacto para lograr la desinfección.

 

El yodo residual libre comprende tanto el yodo molecular como el ácido hipoyodoso y el ion hipoyodito, ya que estas tres formas coexisten en el agua.